Es innegable que la implementación del sistema acusatorio en México, trajo consigo muchos retos para los operadores; tanto jueces y magistrados, agentes del Ministerio Público, defensores públicos, litigantes, policías, peritos, así como los medios de comunicación, aún continúan  requiriendo de capacitación intensa para poder desempeñarse satisfactoriamente.

A lo anterior, se suma otro reto en la praxis penal, y es que la realidad y las necesidades particulares de las entidades federativas son distintas unas de otras. De este modo se observa que las figuras contenidas en el procedimiento penal acusatorio de cada entidad muchas veces se aplican o entienden de manera distinta. 

Aun y con buenas prácticas, nos encontramos con aplicación distinta de figuras, como son criterios de oportunidad o salidas alternas. En otros casos y ante el desconocimiento de las ventajas en la aplicación de ciertas figuras, solo se enuncian en el diseño legislativo o se incluyen de manera más amplia, pero se aplican erróneamente, o bien aun contempladas en los códigos, estas no se aplican. 

Dicho escenario produce confusión, falta de homologación de criterios y fomenta a nivel social un sentimiento de confusión y muchas veces de impunidad. Frente a esta realidad, surge la pregunta: ¿México necesita un Código Único de Procedimientos Penales?

Cabe recordar que la diversidad de Códigos Penales, tiene su origen en la Constitución de 1824, que al no reservarse la Federación la facultad de legislar en materia penal, facultó a cada entidad federativa a emitir sus propios códigos penales. Debido a ello los diversos códigos fueron elaborados con bases distintas: unos tomaron como modelo los principios de la Escuela Clásica, plasmada en el Código Penal de 1871; otros los de la Escuela Positiva, que dieron origen al Código Penal de 1929; y unos más adoptaron los lineamientos del Código Penal de 1931; y en la actualidad la tendencia ha sido la de tomar en cuenta los anteproyectos de código penal de 1949, 1958 y 1963. Esto provocó un caos en el sistema penal mexicano.

Es este sentido, encontramos posturas que defienden que no existe ninguna buena razón para justificar la pluralidad de leyes penales en nuestro país, ya que los treinta y cuatro códigos penales en vigor, en lugar de servir, obstaculizan la represión de la delincuencia y favorecen la impunidad de los delitos, provocando conflictos entre las instituciones penales. Asimismo existen opositores de esta idea y argumentan que cada entidad federativa tiene el derecho de legislar en materia penal, para moldear sus leyes de acuerdo a su propia cultura.

Sin embargo, la sociedad mexicana no es un conjunto heterogéneo de culturas que justifiquen la pluralidad de normas penales. Y debido a que el sistema penal ha vivido en caos por más de un siglo y medio, varios autores e investigadores de la materia, aseguran que es el momento de su reconstrucción, y de esta forma es indispensable crear un sistema único penal que entre otros beneficios, sea la base para la creación de una política criminal que combata en forma eficaz la delincuencia.

Por ello, es imprescindible un aparato que tenga como eje central la unidad jurídico-penal, es decir, se requiere acabar con la diversidad de normas penales, unificando la legislación penal, dando origen a un Código Penal Único para México.